当神社のはじめは、古く慶応3年4月本町がいまだに開拓されずわずかに内地人の来往を見た頃、時の漁場請負人和田屋茂兵衛なるものアブタ領豊浦の守護神として出雲大社の分霊を奉斎したことに始まります。
　大正7年9月1日に村民の熱望から豊浦神社の創立、新社殿の新築を出願したが同年12月28日と翌年4月18日に内務省の許可を受け国家公認の神社となりました。これには時の村長対馬豊太郎が創立委員長、副委員長に斎藤豊・三浦勇五郎が中心に委員69名の連署をもって得たものでした。また北海道庁令第145号をもって神饌幣帛料供進神社に指定されました。
　やがて昭和21年に国家関係分離宗教法人となり、昭和45年4月に社殿も増修築工事に着手、同じく社務所改築工事に着手、同年8月15日に完成。平成9年に社殿、社務所が改修され今日に至っております。